Namun demikian, hambatan dalam belajar tetap saja ada dan jika tidak segera ditangani dengan baik, maka hambatan tersebut bisa menimbulkan sikap-sikap apriori dan apatis.

Untuk itu SMPIT Darul Abidin dalam mengelola proses pembelajaran membuat program bimbingan dan konseling untuk menjawab berbagai permasalahan yang dialami siswa, baik masalah akademik maupun masalah pribadi. Setiap siswa akan dipantau kemajuan akademis dan personalnya oleh seorang wali kelas yang juga berfungsi sebagai Pembimbing Akademis (PA).

Strategi di dalam menyelesaikan masalah dilakukan secara berjenjang, integral, dan komprehensif. Pada tahapan tertentu, baik guru, siswa, dan orangtua murid dapat duduk bersama mencari solusi pemecahan masalah yang sedang dihadapi.

Dengan demikian, tercipta iklim belajar yang kondusif baik di sekolah maupun di rumah.